Het orgel in de Grote Kerk op Marken is in 1972 gebouwd door Gebroeders van Vulpen uit Utrecht; orgelbouwers van hoog aanzien met een jarenlange reputatie (huidige naam: Elbertse & Van Vulpen Orgelmakers te Utrecht).

Dit orgel verving een pijporgel  uit Barendrecht dat daar in 1912 was gebouwd door A. Standaart uit Schiedam. In 1926 werd dat orgel verplaatst naar de Hervormde Kerk op Marken.

Vóór 1926 werd de Hervormde gemeente op Marken begeleid door een harmonium en nog eerder werd de gemeentezang ingezet door de voorzanger staande achter ‘het bordje’.

Van het front van het in 1972 nog aanwezige orgel werden de drie kappen met snijwerk, de stijlen (met vleugelstukken) en de onderste frontlijst met consoles overgenomen ten behoeve van de hoofdwerkkas. In deze stijl werd een rugwerkkas bijgemaakt.

Het snijwerk aan de rugwerkkas, alsmede het snijwerk aan de tussenvelden van de hoofdwerkkas en de wangen met vismotieven aan de consoles van de hoofdwerkkas werd ontworpen door de Zwitserse beeldhouwer Jeanot Bürgi en in de werkplaatsen van de orgelmakers vervaardigd.

 Jan Jongepier (1941-2011)                                                                   Jeanot Bürgi (1939-2011)                                                                                                                           

De orgelkassen van hoofdwerk en rugwerk werden in tinten zachtgroen geschilderd, de balustrade in mosgroen. De pedaalkas, die achter het orgel in de lambrisering van de kerkmuur werd geplaatst, werd overeenkomstig deze muur wit geschilderd.
De vormgeving van de klaviatuuromlijsting, hakstukken en registerknoppen gebeurde in overeenstemming met de stijl waarin de orgelkassen werden ontworpen.
Ook in de dispositie valt een duidelijke oriëntatie op historische voorbeelden te bespeuren, hetgeen een afwijking van veel gebruikte dispositiepatronen betekende. Het orgel heeft een klanksoort die echt ‘grond heeft’ en niet (zoals in de jaren ‘70 nog wel gebruikelijk) neo-barok.

Het pijpwerk op de manualen is geheel van metaal vervaardigd.

De beide tongwerken met houten koppen, geplaatst in stevelblok.
Op het pedaal is de subbas van hout.

Voor de octaaf 8 voet werden de frontpijpen van het voormalige orgel gebruikt.

Adviseur bij de bouw van het orgel was de Zaandammer Jan Jongepier, die het instrument op 26 maart 1972 inspeelde. Als orgeldeskundige adviseerde Jongepier bij menige orgelrestauratie.

Dispositie:

• Hoofdwerk: (C-g'''): Prestant 8', Holpijp 8', Octaaf 4', Quint 2 2/3', Octaaf 2', Mixtuur IV sterk, Trompet 8'.
• Rugwerk: (C-g'''): Gedekt 8', Prestant 4', Roerfluit 4', Gedekte Quint 2 2/3', Octaaf 2', Sesquialter II sterk, Vox Humana 8', Tremulant.
• Pedaal: (C-f'): Subbas 16', Octaaf 8'.
• Koppelingen: Hoofdwerk - Rugwerk, Pedaal - Hoofdwerk, Pedaal - Rugwerk.

Het orgel wordt wekelijks afwisselend bespeeld door vier verschillende organisten:

• Dirk Kes
• Hans Jütte
• Pieter Kaars
• Sebastian van der Pluijm